2010年，由于对耐克转让美国足球联赛股权的决定不满，几支球队的大股东决定脱离美国足球联赛，试图重组1984年因财困而被迫解散的北美足球联赛，但是失败。后来美国足协介入调停，发现这次分裂让两个联赛都没有足够的球队比赛，于是建立了美国足协乙级职业联赛（英语：USSF Division 2 Professional League）作为2010年的过渡联赛。2010赛季结束以后，美国足球联赛宣布将原有的甲级联赛和乙级联赛合并为“美国足球联赛职业级联赛”（USL Pro），而新建的北美足球联赛则被美国足协制定为乙级联赛。
第一届美国足球冠军联赛共有十二支球队参与，包括安提瓜巴布达FC、查尔斯顿电池、夏洛特老鹰、代顿荷兰狮子、纽约FC、哈里斯堡市岛民、洛杉矶蓝调、奥兰多城SC、匹兹堡河狗、里士满踢球者、罗切斯特犀牛及威尔明顿锤头鲨，原本计划邀请三支波多黎各球队参与[1]。
2013年，美国职业足球大联盟和美国足球联赛宣布：将用两年时间将大联盟替补队联赛和美国足球联赛（职业级联赛）合并，以便为在大联盟缺乏上场机会的球员提供在美国足球联赛的上场机会[2]。大联盟球队可以自己组建替补队，也可以和现有的美国足球联赛球队建立合作关系[2]。之后两个联赛开始大规模地对北美足球联赛进行挖角，包括明尼苏达联、坦帕湾暴徒（英语：Tampa Bay Rowdies）和渥太华暴怒等北美足球联赛球队相继被挖走[3][4]。
2017年1月，经过一轮迅速扩张之后，美国足球联赛被美国足协指定为乙级联赛，与北美足球联赛同级，紧随大联盟之后[5]。同年4月，美国足球联赛宣布：将于2019年建立“USL丙级联赛”[6]（正式建立后更名为“美国足球甲级联赛”）。此举再一次引发关于“在北美洲是否应该实行升降级制度”的讨论。
2021年12月6日，美国职业足球大联盟宣布成立MLS Next Pro，赛事被归类为美国足球联赛系统第三级联赛，将于2022年开始比赛。由2014年开始美职联和美国足球联赛合作关系宣告结束，绝大部分在冠军联赛及或美国足球甲级联赛拥有的大联盟预备队将于2023年前迁至MLS Next Pro，但劳登联（英语：Loudoun United FC）[7]和CF蒙特利尔预备队[8][9]除外。